其一，上書學者認為「古籍上從來沒有『宮署』一說」的論點有誤。「宮署」一詞並非今人杜撰，查《漢語大詞典》第三卷第1435頁就有【宮署】條：「宮禁中的衙署。唐白居易《酬令狐留守尚書見贈十韻》：『嵩少當宮署，伊瀍入禁渠』」。而且在古籍中一直以來也有明確記載，如早在《後漢書·志第十四》有：「五年五月庚申，德陽前殿西北入六內永樂太后宮署火。」晚至《明史》中也有：「賊遂執秦王存樞，處其宮署，置百官」。可見宮署一詞古已有之。
其二，上書學者認為：「從秦始皇的阿房宮到明清故宮2000多年的歷史，哪一朝哪一代可以允許中央或地方行政長官的衙署設在皇帝的宮殿區內？」
而考古專家則指出，這些學者可能是對實地考古缺乏瞭解，才有此失誤。因為文獻和考古發掘都完全證明在古代宮殿中可以設有中央官署。比如1980~1998年發掘的漢長安城未央宮遺址清楚表明，未央宮內中軸線上有前殿、皇后之殿——椒房殿等宮殿建築，前殿西北為中央官署和少府等建築，西南則為滄池和石渠等園林景觀。發掘揭露的遺跡表明未央宮就是一處集宮殿、宮苑和中央官署為一體的王宮。文獻中如《三輔黃圖》中也有記載。
其三，上書學者提出：「南越國宮署遺址定性錯誤，應改為『南越國宮苑遺址』，以保持科學的嚴謹性。」而考古專家則指出，遺址定名為「南越國宮署遺址」才是科學和嚴謹的。
考古專家稱，南越國宮苑的石構水池和曲流石渠遺跡發現之後，1998年1月，國家文物局派出由張柏副局長帶隊，有考古學家徐蘋芳、黃景略、宿白，古建築學家鄭孝燮、傅熹年、羅哲文等13位多學科的專家組親臨考古現場考察和論證。專家們反覆推敲，最後給遺址定名為「南越國宮署遺址」，並著重指出南越宮苑遺跡是南越國宮署遺址的重要組成部分。而在之後的發掘中，也出土不少關於南越王宮少府署屬下的官署遺物，如「居室」瓦文和「中府嗇夫」封泥等。