中藥的命名大多都有規律可循，一般是根據藥物的形態、氣味、顏色、功用、產地、藥用部分、采收季節等諸方面的特徵，單獨或綜合起來命名的。
以顏色命名 許多中藥具有各種天然的顏色，因此，藥物的顏色也成了藥名的來源之一。如紅色的有紅花、赤芍、丹參等；黃色的有黃柏、黃連、黃芩、大黃等；青色的有青皮、青蒿、青黛、大青葉等；白色的有白朮、白芷、白薇、白芨等；黑色的有黑豆、黑丑、黑芝麻等；紫色的有紫草、紫花地丁等。
以形態命名 如牛膝，因其莖節粗而膨出，狀似牛的膝關節而得名；白頭翁則以其「近根處有白茸，狀似白頭老翁」而得名；狗脊的根上有金黃色的茸毛，酷似狗脊而得名，真是栩栩如生。其他如馬兜鈴、連翹、兩面針、八角蓮、木蝴蝶、七葉一枝花等也皆以形態而得名。
以氣味命名 有酸味的酸棗仁、甜味的甘草、苦味的苦參、辣味的細辛皆以味而得名；五味子因其「皮肉甘酸，核中辛苦，都有鹹味」，五味俱全故而得名；魚腥草因其葉具有魚腥味而得名；麝香、丁香、藿香、降香均以香味而得名；臭靈丹、臭茉莉、臭梧桐則以臭味而得名。
以產地命名 如川連、川芎、川貝母等，皆因主產於四川而得名；廣藿香、廣皮、廣木香產於廣東；建曲、建澤瀉產於福建；雲茯苓產於雲南；關防風、關黃柏產於東北地區，因而得名。還有蜀椒、杭菊、浙貝、阿膠，皆因產地而得名。
以生長特點命名 如半夏，農曆五月間成熟，恰巧是夏季過一半，故得其名；夏枯草因每到夏至便萎謝而得名；忍冬籐因經冬不凋而得名；萬年青因四季長青而得名；冬蟲夏草因其冬為蟲、夏為草，成蟲體與菌座相連而得名；冬青子因冬季採摘其成熟果實而得名。
以藥物功效命名 防風能治諸風頭痛；澤瀉能洩利水濕；益母草能治婦科病；千年健能「祛風延年」；遠志能益智安神強志；骨碎補能活血壯筋、續骨療傷；孩兒參用於補益兒童氣虛等。
以藥用部分命名 植物以花入藥的有菊花、洋金花、旋覆花等；以子入藥的有蓮子、萊菔子、菟絲子、枸杞子等；以葉入藥的有艾葉、蘇葉、淡竹葉、側柏葉等；以籐入藥的有海風籐、夜交籐、雞血籐等；以根入藥的有葛根、蘆根、山豆根等；以皮入藥的有秦皮、五加皮、地骨皮；以木質部分入藥的有蘇木、竹茄；以動物藥用部分入藥而命名的有蟬蛻、牛黃、鱉甲、龜板、鹿茸；礦石入藥的則有硃砂、赫石、滑石等。
另外，有些中藥的別名也頗耐人尋味。甘草有調和諸藥的功效，尤似和事的國老，故又稱「國老」；大黃瀉下作用猛烈，功大力專，好似勇猛無敵的將軍。故也稱「將軍」；其他如灶心土，稱「伏龍肝」，花生衣稱「鳳凰衣」等，也富有情趣。
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