眼下，一些地區農藥市場如同「迷魂陣」，農民來到市場購買農藥真如霧裡看花，無所適從；當病蟲害發生時，往往急不擇藥，有時不但收不到防治效果，反而釀成藥害，貽誤時機，造成難以挽回的損失。
無證經營黑店多。目前農村無農藥經營許可證和營業執照而經營農藥的現象相當普遍，這些無證經營給當地農藥市場帶來了極大的隱患。首先，進貨渠道混亂，質量得不到保證，給假劣農藥產品流入市場留下可乘之機，其次這些人員素質低下，指導科學用藥成了空談，他們沒有專門的經營農藥的設施，多與其他副食品、小百貨等混雜陳列，存在著極大的安全隱患。再次是這些黑店違規銷售高毒、高殘留農藥，給農產品質量安全和環境安全帶來潛在威脅，儘管執法部門工作做得比較到位，但由於進貨渠道亂，不少違規經營者仍在隱藏「兩高」農藥，逃避檢查，執法死角時有出現。
農藥標籤問題多。為了搶佔市場，一些廠家和經銷商，對同一農藥品種年年改頭換面，以新農藥名稱投向市場。不少農藥商品未登記（廠家擅自修改登記證號的商品名）以及擴展登記作物和防治對象。按農業部規定農藥產品對每一個應用作物都必須進行登記，但由於登記費用多，週期長，於是廠家挖空心思，市場需要什麼，廠家就寫什麼。常常冠以某某光、某王、某殺、某絕，農民僅看商品名，就不知所云，常被誤導用藥。有的一「名」多用，農藥的產品按規定必須有通用名和商品名，農藥的商品名按農業部的登記規定只能用一個，而且要求通用名用中文標識，但眾多廠家將一個商品名供3－5個產品使用，甚至更多。此外，產品保質期標注不清或殘缺，農藥毒性標誌不明，注意事項標識不全等現象均不同程度地存在。
農藥銷售和使用技術滯後。一些農藥經銷商對進貨商品缺乏調查，有的經營人員根本就無專業知識和相應的服務技能，農藥拆零供應缺少使用說明書，沒有建立農藥經營檔案，而有的農民在使用農藥時不按說明書規範操作，或不按病蟲防治適期用藥，不注意用藥安全間隔期，致使因藥害引起的農資投訴案件屢有發生。
短斤少兩花樣翻新。以前農藥多以畝用量多少進行包裝，包裝基本都是以500克（毫升）、1000克（毫升）包裝單位，農民使用比較方便。而現在的廠家隨心所欲，任意改動包裝，市場上各包裝檔次都有，重量減少，含量降低。有的廠家在包裝物上打主意，用厚、大、重的包裝物包裝農藥，有的將包裝物底部做成「凸」形，造成量多的假象，誤導欺騙農民。有些農藥銷售戶，拆大包裝為小包裝，搞什麼拆零供應，而在價格上雖有所降低，但實際上因份量減少而漁利。
市場監管是「短腿」。專業技術是農業執法區別於其他行政執法的一大特徵，如果沒有技術優勢，農業部門就失去了農藥管理職能存在的基礎。目前，一些執法人員往往忽視了農藥管理的技術性，單純為了管理而管理。農藥監督管理機構的多樣性給管理工作帶來了很大困難。在農村執法時，多以經濟處罰思想指導執法，執法行為也不夠規範，大多未能完全按法定程序進行。